随着我国社会主义市场经济体制改革的不断推进和加入世界贸易组织（WTO）谈判步伐的加快，1999年，我国外经贸体制改革继续深化。
　　一、深化外经贸经营体制改革，建立"审批从宽、管理从严"的新机制。
　　1、 推进自营进出口权登记制工作。 进一步扩大自营进出口权登记制的适用范围，到1999年年底，在全国范围内实现了对符合条件的国有、集体所有制科研院所、高新技术企业、生产企业实行自营进出口权的登记制。
　　2、 进一步放宽各类企业审批标准，简化审批程序。从1999年1月开始，下放了进出口企业更名和增补进出口商品目录等审批权限；放宽了流通性企业申请进出口经营权的资格条件；开始赋予私营生产企业和科研院所自营进出口权；赋予一大批企业边境贸易经营权。
　　3、 改革部分国家组织统一联合经营出口商品的经营体制。从1999年1月起，放开了棉纱、棉涤纶纱、棉坯布、棉涤纶坯布（简称"两纱两布"）经营权。
　　4、 建立进出口企业资格证书年审制度，从而建立起审批从宽、管理从严的新机制。我部从1999年起建立进出口企业资格证书年审制度，加强了对已获得进出口经营权企业的管理。
　　二、积极推进进出口商品管理体制的改革，使进出口商品的管理科学化、公开化。
　　1、 进一步完善进出口许可证管理体制。按照"政策制定与具体实施相分离，配额管理与许可证签发业务管理相分离，"以及"增强政府机关宏观政策管理职能，弱化微观事务性管理职能"的原则，从1999年4月1日起，在许可证签发及管理工作中实现了政企分开，管理和发证分开，使许可证管理体制科学化、规范化；对许可证实行统一的网络化管理，建立了配额许可证数据信息反馈系统，以提高配额使用率。
　　2、 调整出口许可证管理的商品种类和发证机关，进一步放开经营。从1999年1月开始，实行出口许可证管理的商品由原来的115种减少为59种，减少了47％；对部分出口商品实行指定发证机关和指定出口口岸管理，以维护正常的经营秩序。
　　3、 进一步完善出口商品配额分配机制，坚持和完善配额招标工作。对出口商品配额的分配打破"终身制"，实行动态管理，并向出口效益好、产品附加值高、经济实力强的企业倾斜。纺织品被动配额分配的改革，是外经贸管理体制改革的重大举措。一方面，增加对自营出口生产企业的纺织品配额分配比例，99年的切块比例已增加到30％；另一方面，大幅度增加了纺织品被动配额的招标类别，由1998年的7个类别增加到1999年的21个类别。自1994 年对配额商品实行招标分配以来，目前招标商品已扩大到37种，投标企业超过4千家。
　　4、加大进口机电产品管理体制改革力度，增强进口政策的统一性和透明度。主要是：完善机电产品进口管理法规，缩小行政性管理的范围和产品种类；研究制定技术标准来管理机电产品进口，由原来单一用行政手段管理的方式，逐渐向国际通行的技术标准管理模式靠拢；加强特定机电产品的国际招标采购工作。
　　三、制定新的政策措施，加大引进外资力度
为进一步吸引外资，自8月下旬，国家有关部门在税收、金融、保险、土地使用权等方面出台了一系列鼓励外商投资的新的政策措施，如允许鼓励类、限制乙类外商投资企业、外商投资研发中心、产品出口企业和先进技术企业在投资总额以外以自有资金免税进口更新设备；允许中资商业银行接受外方股东担保向外商投资企业提供境内融资；向在国家重点鼓励的能源、交通等领域投资的外国投资者提供政治风险、履约保险、保证保险等保险服务等。为促进区域经济协调发展，推动中西部地区的开发开放，新的政策措施特别就鼓励外商到中西部地区投资作了规定。
　　四、整顿对外承包工程和对外劳务合作的经营秩序；深化援外方式改革，加强项目管理。
　　为规范对外承包工程和劳务合作经营秩序，对主营此类业务的企业实施了分级分类管理，并积极整顿经营市场，特别是对对台渔工市场进行了重点整顿。
　　积极推行优惠贷款和援外项目合资合作，取得新的进展。加强援外项目的管理，修订和出台了10多个援外管理规章；坚持"公平、公开、效益"的原则，择优选择承担援外任务的企业；援外工程全面引入和贯彻ISO国际质量体系标准，对项目质量实行全过程控制，援外工程质量得到明显提高。
　　五、完善外贸宏观调控和管理体系，实现主要运用关税、利率、汇率等经济手段及符合国际经济通行规则的政策措施来调节对外贸易。
　　1、 大幅度调整进口商品的关税税率，降低关税总体水平。 从1999年1月1日起，我国又下调了1041个税目商品的进口关税税率，关税水平从原来的17％下调至16.23％。为了有利于国内企业发展生产，降低进口成本，国家还决定在1999年对196个税目的进口商品实行比规定税率低的暂定税率，以体现国家的行业管理政策。
　　2、 国家通过税收政策，主要是调整部分货物的出口退税率来实现对外贸出口的宏观调控。1999年，为加大对外贸出口的扶持力度，增强外贸出口对经济增长的拉动作用，国家先后两次提高了部分货物的出口退税率。目前，出口商品综合退税率已从原来的12.5％提高到15％左右。
　　六、政企分开，转换国有外经贸企业的经营机制。
　　1、 按照中央关于中央党政机关与所办经济实体和管理的直属企业脱钩的精神，外经贸部与原直属企业的脱钩工作基本完成。政企分开，是适应社会主义市场经济体制的重大举措，有助于形成公平竞争的市场格局。
　　2、 转换内部经营机制。国有外经贸企业通过改革、改组、改造，加快转换内部经营机制和优化资产组合，基本上实现了向自主经营、自负盈亏、自我发展、自我约束的市场主体的转变，形成了适应国际市场竞争的企业群体，有相当一些企业已成为集贸、工、技、金融、信息服务等功能为一体的跨行业、跨地区、跨国经营的大型企业集团。
　　3、外经贸企业股份制改造。通过企业内部职工持股，实行股份合作制和在境内外股票市场上市等方式，部分国有外经贸企业健全了公司法人治理结构，拓展了融资渠道，增强了发展后劲。外经贸企业在国内证券市场上已形成独具特色的"外经贸板块"。
　　4、对亏损国有外经贸企业实行封闭贷款。为支持有订单、有效益、有市场的亏损国有外经贸企业的产品出口和对外工程承包，中国人民银行、外经贸部、国家税务总局联合发出通知，要求各地银行对这类企业实行封闭贷款，专款专用，帮助企业逐步扭亏增盈，支持国有外经贸企业的改革和发展。
　　5、加快建立符合现代企业制度的人事管理体制，推行以聘任制为主的人事任用制度，企业领导人员的职务逐步与行政级别脱钩。
　　七、强化进出口商会等外贸中介组织的职能，发挥中介组织在政府与企业之间的桥梁和纽带作用，加强外经贸信息网络建设。
　　1、 加强社会中介机构建设。推进进出口商会的改革；进一步发挥研究咨询机构的信息服务功能；建立、健全法律、会计、审计等中介机构，为外经贸发展与改革服务。
　　2、加强外经贸信息网络建设。进出口许可证联网申领系统通过验收，并实现与海关总署计算机联网试运行；从1999年5月1日起，实现了统一利用计算机系统对加工贸易业务的审批管理；建立了纺织品出口许可证计算机联网核查系统、电子招标系统，初步建立了进出口商品配额执行情况的核查反馈机制。